Nach einem Zusammenstoß mit dem Paradox Prisma landet Sonic in einer öden Parallelwelt namens New Yoke City, die ihm seltsam bekannt vorkommt.

Nach einem Stromausfall bricht ein rebellisches Duo in ein Labor ein, in dem das Chaos-Komitee die seltsame Verbindung zwischen Sonic und einer Energiequelle untersucht.

Um das Bruchstück des Prismas zu schützen, kämpfen die Rebellen gegen das Chaos-Komitee. Sonic macht eine überraschende Entdeckung darüber, warum sich seine Welt aufspaltete.