Touma Kamijou je student střední školy v Akademickém městě, kde věda zkoumá nadpřirozeno. Jednoho dne se setkává s jeptiškou, která uprchla ze světa kouzel.

Kamijo nachází před svým pokojem Index potřísněnou krví. Najednou se objeví Kouzelník, aby ji odvedl pryč a zahájil překvapivý ohnivý útok.

Kvůli kouzelnému léku, který potřebuje k vyléčení Indexina zranění, navštíví Kamijo svého učitele. Index začíná zjišťovat, kdo je a proč utekla.

Kamijo je těžce raněn mečem kouzelnice Kaori Kanzaki, která pronásleduje Index. Kaori se o Index dozvídá šokující informaci.

Index zemře, pokud jí jednou za rok nevymažou paměť. Kamijo se snaží najít jiný způsob, jak ji zachránit, když se objeví Stiyl a Kaori. Čas se začíná krátit.

Kamijo si v souvislosti s Indexinou pamětí něco uvědomí. Dokáže svou pravačkou zastavit ty, kteří jdou po grimoárech, a zničit Svatyni sv. Jiří?

Kamijo se setkává s dívkou v oděvu šintoistické kněžky, která zmizí s mužem v obleku. Stiyl ho požádá, aby zachránil Hlubokou krev, dívku, která dokáže zabíjet upíry.

Kamijo a Stiyl se snaží zničit zdroj magické bariéry, která obklopuje přípravku. Studenti školy začnou se zaříkáváním.

Aureolus zajme Index a dá průchod svému hněvu vůči Kamijimu, Stiylovi a Aise v podobě Ars Magny, alchymie, která mění slova ve skutečnost.

Kamijo potká cestou domů ze školy Mikotinu mladší sestru Misaku, kterou Mikoto brzy odtáhne pryč. Pak na ni ale znovu narazí – jak je to možné?

Kamijo najde Misačinu mrtvolu. Později tělo i krvavé skvrny zmizí. Pak spatří Misaku, jak nese pytel na mrtvoly, s mnoha dalšími sestrami.

Kamijo vidí, že Mikoto je v problémech až po uši. Vyčítá si, že mapu své DNA nabídl k výzkumným účelům. Postaví se Mikoto do cesty.

Mikoto se hodlá obětovat pro své sestry a Kamidžó se jí ptá, kde je Accelerator. Ten se zatím chystá bojovat s Misakou.

V boji se všemocným Acceleratorem zůstává Kamidžó v defenzivě. Mikoto vymyslí plán, jak Acceleratorora zastavit, a křísí zraněnou Misaku.

Kamidžo je z Akademického města rychle vyhnán. Tváře a povahy se proměnily a před Kamidžem se zjeví jeptiška v rudém hábitu.

Do Japonska přijíždí Miša, aby objasnila původ zaříkadla Pád anděla. K Miše se připojí Kamidžó, Kanzaki a Cučimikado a společně hledají zaklínače.

Kamidžó konfrontuje Tóju, který začíná mluvit o své minulosti. Miša se objeví a zaútočí. Kaori přichází zastavit Mišu a odhaluje o ní šokující informace.

Mikoto je pronásledována chlapcem jménem Unabara a ona předstírá, že chodí s Kamidžem. Když se rozdělí, každý z nich potká jiného Unabaru. Jeden z nich sleduje Mikoto.

Acceleratora v restauraci otravuje Misačin klon „Poslední příkaz“. Potom ale uvidí Ao Amaie, ředitele Radia Noise – projektu, který stvořily Sestry.

Accelerator ve výzkumném středisku chytí Amaie a znovu získá Poslední příkaz. Virus v jejím těle se ale aktivuje dřív, než měl.

Aisa Himegami přejde do Kamidžiho třídy. Index se spřátelí s Hyokou Kazakiri a jsou si stále bližší. Do Akademického města pronikl kouzelník.

Kamidžó, Index a Kazakiri dostanou příkaz k evakuaci nákupního centra a spatří na stěně oko. Kamidžó způsobí střet mezi Mikoto a Index.

Kazakiri se ocitne před golemem, kterého vypustila Sherry Cromwellová. Kamidžó s ním bojuje, ale Sherry jeho plány hatí. A co Index a Mikoto?

Sherry obrátí pozornost k Index, Kamidžó se v metru pustí do Sherry a Index je v úzkých: ohrožují ji golemovy gigantické pěsti.

Kamijo je úplně vyčerpaný, protože se nechal zlákat k falešné schůzce s Mikoto. V Akademickém městě se objeví skupina rytířů ve zlaté zbroji.

Došlo ke krádeži grimoáru. Navíc jeptiška, která ho dokáže rozluštit, byla zajata. Britští puritáni posílají Stiyla, aby případ vyřešil.

Kamijo vidí, že Orsolu unesli příslušníci církve Amakusa. Se Stiylem a Agnese Forces se vydává na utajené nepřátelské stanoviště.

Po úspěšné záchraně Orsoly dostane Kamijo varování od Tatemiyi, aby Orsolu nevydával katolíkům církve Amakusa. Kamijo má před sebou těžké rozhodnutí.

Katolické sestry opět útočí. Kamijo s Index se dostávají do úzkých. Jejich osud závisí na rozluštění grimoáru.

Kuroko je s Mikoto na nákupech, kde dostane informaci o krádeži speciálního kufříku. Neochotně se vydává na pobočku Rozsudku.

Kuroko nahání dívku Musujime, která se umí teleportovat, ale přichází o svou výhodu a nemůže se pohnout z místa. Musujime vyloží Kuroko svůj plán.

Akademické město hostí Daihasei, atletický festival pro školy. Kamidžó a Mikoto bojují o vítězství, ale Kamidžóv tým to moc nezajímá.

Do Akademického města se dostal Bodavý meč, který dokáže zabít i světce. Kamidžó pomáhá s jeho nalezením a narazí na viníka – Oriana.

Oriana je stále na útěku a Kamidžó s ostatními ji pronásledují. Těsně předtím, než ji mohou zadržet, stihne naskočit do autobusu bez řidiče.

Začíná být jasné, jaké cíle má sestra Lidvia. Kamidžó zkouší Index chránit před realitou. Jejich krátký odpočinek se chýlí ke konci.

Oriana při útoku těžce zraní Kamidžóovy spolužáky. Rozzlobený Kamidžó ji pronásleduje, ale uvědomí si, že na tom, co Oriana dělá, je něco zvláštního.

Kamidžó a spol. spěchají na letiště Školního obvodu 23, protože si domyslí, kam má Oriana namířeno. Dokážou její plán překazit před západem slunce?

Kamidžó vyhrává dovolenou v Itálii pro dva. Má z toho velkou radost a spolu s Index se připravují na cestu. Jenže hned na letišti se dostanou do potíží.

Kamidžó a spol. se při cestě do Itálie stávají terčem nečekaného útoku. Ukáže se, že za ním stojí Agnese, která je nechá odejít, jen když splní její podmínku.

Pro záchranu Agnese zamíří Kamidžó s ostatními na vlajkovou loď královské flotily. V boji se Kamidžó oddělí od ostatních a setká se s biskupem Biagiem.

Accelerator s partou odchází z nemocnice a bydlí u Yomikawy. Kamidžóa po návratu z katastrofální cesty do Itálie kontaktuje Mikoto.

Orsola spolu s ostatními zápolí s novou pračkou. Kamidžó, kterého provází Mikoto, naráží na nejrůznější potíže.

Accelerator a Poslední příkaz se radují ze svého setkání. Přivítání jim připraví Lovečtí psi. Do deštěm bičovaného Akademického města pronikne podezřelá postava.

Accelerator se setká s Index a čeká na příležitost vrátit úder. Poslední příkaz a Kamidžó, kteří unikli před Loveckými psy, potkávají nového nepřítele.

Accelerator je ochotný znepřátelit si kvůli záchraně Posledního příkazu Akademické město. Vento a Kamidžó se už připravují na boj, ale ve městě dojde ke změně.

Kihara a Accelerator se utkávají v zoufalém boji. Kamidžó bojuje ze všech sil s Vento. Index se modlí za město, aby ho dokázala zachránit.

Ventina hrůzovláda je u konce. Kamidžó s posádkou se vracejí k běžnému životu, ale protesty proti Akademickému městu se začínají šířit do všech koutů světa.

Protesty proti Akademickému městu sílí. Opilá Misaka začíná nevybíravě „terorizovat“ studenty. Kdo z nich bude její první obětí?