Satu perjanjian antara Gai dan Segai memadamkan maklumat kejadian itu daripada GHQ dan Shu hidup seperti biasa semula. Rakan sekelasnya mengalu-alukan kepulangannya.

Shu berasa yakin selepas misi Rumah Mayat dan bersatu semula dengan Yahiro yang melarikan diri dengan adiknya Jun. Dia menghadapi serangan Segai sendirian.

Seluruh Tokyo huru-hara apabila virus menghablur dan merebak kepada musuh dan juga sekutu. Keido merampas kuasa dan menyalahkan Rumah Mayat sepenuhnya.

Pelajar tenteram semula setelah Shu menjadi presiden majlis pelajar baharu, tetapi masalah masih banyak. Shu terpaksa bermuhasabah susulan daripada satu tragedi.

Arisa mendapat tahu rahsia untuk menamatkan pemerintahan zalim Shu. Dia terpaksa diam, tetapi khabar angin terus tersebar. Shu menggunakan rancangan "Penghijrahan".

Selepas bergelut, Inori akhirnya memaafkan dosa Shu. Shu bersemuka sendirian dengan Gai untuk membongkar segalanya, dan kuasa ajaibnya mengukir takdir baharu.