Kirito, along with his childhood friend, Eugeo, has been tasked with cutting down a colossal tree called the Gigas Cedar. They’re swinging their ax when their friend Alice arrives with lunch. As they eat, the three friends decide to go to a fabled cave.

Kirito and Eugeo realize Selka has taken off to the End Mountains alone, and decide to chase after her. As they enter the cave, they encounter goblins, presumably from the Dark Territory, and must engage in a battle.

Ronie and Tiese are late getting to the dorm. Kirito rushes out in search of them, but no sooner has he gone than Frenica appears. She tells Eugeo about how she's suffered at Humbert's hands, and that Tiese and Ronie went to confront him about it.

Kirito and Eugeo are now considered criminals for having violated the Taboo Index and are thrown into the underground prison in the Central Cathedral. Meanwhile, on the Ocean Turtle in the real world, Asuna is watching over Kazuto as he's being treated.

Though riddled with wounds, Kirito manages to activate his Perfect Weapon Control art. Continuing on their way to the top floor of the Central Cathedral, Kirito and Eugeo find themselves standing before a strange-looking floating platform.

When Kirito and Alice both unleash the Perfect Weapon Control art in the Cloudtop Garden, the impact rips a hole into the seemingly impregnable Central Cathedral wall, which sends them both flying outside.

Eugeo reaches the ninetieth floor of the Central Cathedral, which turns out to be a vast bathing area. The perplexed Eugeo encounters Bercouli Synthesis One soaking in the bath. Meanwhile, Kirito and Alice are still climbing the Central Cathedral wall.

Seeing Alice’s reaction when he mentioned the name Selka, Kirito decides to tell her the truth about the Integrity Knights. Meanwhile, after being knocked unconscious during his battle with Bercouli, Eugeo awakes on the top floor of the cathedral.

Kirito and Alice reach the communal bath on the nintieth floor. There, they find the Integrity Knight Commander, Bercouli, who's been turned to stone by Chudelkin. Alice breaks down in tears upon seeing her mentor's tragic plight, but then...

Standing in Kirito and Alice's way is Eugeo, who's undergone the Synthesis Ritual and become an Integrity Knight. Kirito is rattled, until Alice admonishes him into resolving to fight Eugeo with everything he's got.

On the top floor of the Central Cathedral, Kirito, Eugeo, and Alice finally face Administrator. But Chudelkin uses the sacred arts to transform himself into a giant clown and attacks.

Cardinal appears on the top floor of Central Cathedral for a showdown with her bitter foe of the last two hundred years. She moves to achieve her objective of deleting Administrator, only to see the fallen sword golem rise up again.

Carrying the hopes of Cardinal, Eugeo, and Alice in his heart, Kirito stands yet again and visualizes the Black Swordsman, the top player who cleared SAO. For the sake of everyone he’s encountered in this world, Kirito, faces off with Administrator.

Recap of Sword Art Online: Alicization, aired one week before Sword Art Online: Alicization - War of Underworld.

Meskipun mengalami beberapa bulan yang sukar, Alice telah memulakan kehidupan aman dengan Kirito di desa. Seorang tetamu mengancam untuk mengganggu kehidupan baru mereka.

Goblin dan orc melancarkan serangan berkuasa yang mengancam keselamatan Rulid. Alice bergegas untuk menyelamatkan mereka tetapi terpaksa untuk membuat pilihan sukar.

Gabriel yang kini menguasai tentera Wilayah Gelap bersedia untuk berperang dengan Empayar Manusia. Sementara itu, Vecta yang sebenar menghadapi ancaman dari semua arah.

Alice dan Kirito bertemu dengan tentera, tetapi keadaan Kirito masih teruk dan gerbang timur tidak akan bertahan lama apabila musuh mereka menyerang secara beramai-ramai.

Gerbang runtuh dan tentera Wilayah Gelap berhabis-habisan untuk menyerang tanah manusia dan secara perlahan-lahan, mengatasi pihak lawan mereka yang lebih teratur.

Renly melarikan diri daripada pertarungan dan mencari Ronie dan Tiese bersama dengan peluang untuk menebus dirinya. Sementara itu, Alice meneruskan usaha pada bom laser.

Selepas bom laser itu memporak-perandakan musuh, Alice menemukan mangsa terselamat berpangkat tinggi. Tentera manusia menimbulkan gangguan untuk mengalih perhatian Vecta.

Vecta mengarahkan tenteranya mengejar Alice, ini mencetuskan pertarungan antara pahlawan yang boleh memotong apa-apa sahaja dan seorang lagi yang berbadan kebal.

Sebagai Stacia yang amat berkuasa, Asuna menstabilkan keadaan dan kembali bersatu dengan Kirito. Keadaan menjadi tidak menentu setelah Alice menemui mereka bersama.

Pasukan umpan mendapati bahawa Vecta menghantar tenteranya merentasi jurang. Critter pula menggunakan tipu helah untuk menghimpunkan anggota baharu Amerika.

Asuna nekad menghentikan kumpulan pemain Amerika di tengah-tengah pembunuhan beramai-ramai dan kekacauan daripada kedua-dua pihak. Vecta bersedia menawan sasarannya.

Dengan kemunculan lebih banyak rakan, Asuna bersedia untuk bertarung dengan pemain asing. Higa pula mendapat idea untuk membantu Kirito tetapi dia memerlukan bantuan.

Sinon muncul dan memberitahu Alice yang kecewa bahawa dia perlu meneruskan perjalanan ke selatan dan menuju ke Altar Kiamat Dunia. Asuna ternampak figura misteri.

Bersenjatakan Pedang Langit Malam dan Pedang Ros Biru yang rosak, Kirito bergelut untuk menangkis serangan senjata Vassago. Dia mendapat bantuan tidak lama kemudian.

Asuna dan Alice bergegas ke Altar Hujung Dunia sebelum ia ditutup. Kirito tidak pergi untuk bertarung dengan Gabriel dan menjamin laluan yang selamat untuk mereka.

Rinko mengadakan sidang akhbar untuk mengumumkan kecerdasan buatan sebenar yang pertama. Alice menjawab semua soalan wartawan yang sukar dengan cekap.

Mengetahui yang Alice telah menghilang, Kazuto bergegas untuk keluar dari rumah tetapi dihalang oleh penghantaran tidak diduga: sebuah kotak besar dengan isi mengejutkan.