Two years have gone by since Kirito and Eugeo left Rulid Village. In the capital city, Centoria, both boys have attained their goal of being admitted to the North Centoria Imperial Swordcraft Academy.

Ronie and Tiese are late getting to the dorm. Kirito rushes out in search of them, but no sooner has he gone than Frenica appears. She tells Eugeo about how she's suffered at Humbert's hands, and that Tiese and Ronie went to confront him about it.

Kirito and Eugeo have been rescued by the young girl, Cardinal, who has secluded herself inside the Central Cathedral’s Great Library. Cardinal explains to Kirito how the Axiom Church and the Taboo Index came to be, starting with Administrator’s past.

Eugeo reaches the ninetieth floor of the Central Cathedral, which turns out to be a vast bathing area. The perplexed Eugeo encounters Bercouli Synthesis One soaking in the bath. Meanwhile, Kirito and Alice are still climbing the Central Cathedral wall.

Cardinal appears on the top floor of Central Cathedral for a showdown with her bitter foe of the last two hundred years. She moves to achieve her objective of deleting Administrator, only to see the fallen sword golem rise up again.

Carrying the hopes of Cardinal, Eugeo, and Alice in his heart, Kirito stands yet again and visualizes the Black Swordsman, the top player who cleared SAO. For the sake of everyone he’s encountered in this world, Kirito, faces off with Administrator.

Goblin dan orc melancarkan serangan berkuasa yang mengancam keselamatan Rulid. Alice bergegas untuk menyelamatkan mereka tetapi terpaksa untuk membuat pilihan sukar.

Gabriel yang kini menguasai tentera Wilayah Gelap bersedia untuk berperang dengan Empayar Manusia. Sementara itu, Vecta yang sebenar menghadapi ancaman dari semua arah.

Selepas bom laser itu memporak-perandakan musuh, Alice menemukan mangsa terselamat berpangkat tinggi. Tentera manusia menimbulkan gangguan untuk mengalih perhatian Vecta.

Pasukan umpan mendapati bahawa Vecta menghantar tenteranya merentasi jurang. Critter pula menggunakan tipu helah untuk menghimpunkan anggota baharu Amerika.

Dengan kemunculan lebih banyak rakan, Asuna bersedia untuk bertarung dengan pemain asing. Higa pula mendapat idea untuk membantu Kirito tetapi dia memerlukan bantuan.

Menghadapi kematian di tangan Vassago, Kirito yang tidak berdaya diselamatkan oleh campur tangan daripada pasangan tidak disangka pada detik terakhir.

Asuna dan Alice bergegas ke Altar Hujung Dunia sebelum ia ditutup. Kirito tidak pergi untuk bertarung dengan Gabriel dan menjamin laluan yang selamat untuk mereka.

Mengetahui yang Alice telah menghilang, Kazuto bergegas untuk keluar dari rumah tetapi dihalang oleh penghantaran tidak diduga: sebuah kotak besar dengan isi mengejutkan.