Tajný agent Ethan Burke se po autonehodě probouzí v lese na předměstí Wayward Pines ve státu Idaho. Po příchodu do města náhle zkolabuje. Poté se probouzí na lůžku v místní nemocnici, kde o něj pečuje starostlivá avšak podivně chovající sestřička Pam. Během odpočinku se mu začíná vracet paměť na dobu autonehody. Vzpomíná si, že v autě s ním seděl i jeho kolega Stallings. Společně pátrali po dalších agentech jménem Hewson a Evans. Po odchodu z nemocnice si zajde do místního baru, kde potkává sympatickou barmanku jménem Beverly. Ethan se rovněž snaží zatelefonovat své ženě, aby neměla starosti, ale nemůže se dovolat. Mezitím dostává od Beverly nenápadně adresu, na které najde agenta Evanse, který je již nějakou dobu po smrti. Někdo mu prořízl hrdlo.

Poté, co Ethan zjistil, že kolem města Wayward Pines vede vysoký plot s elektrickým napětím, ho v lese nachází i šerif Pope, který mu radí, aby zůstal ve svém hotelovém pokoji, dokud není Evansova smrt vyřešena. Ethanovi to samozřejmě nedá a jde do márnice, aby prohledat Evansovy věci s cílem najít něco užitečného, třeba i cestu ven z uzavřeného města. Ethan a Beverly plánují útěk, napřed se musí zbavit sledovacích zařízení, které do nich byly implantovány. Jejich plány tak trochu naruší Ethanova bývalá milenka Kate a její manžel Harold, když je potkají na ulici a pozvou je k nim domů na večeři.

Po vraždě Beverly šerif Pope pronáší řeč k celému městu. Zdůrazňuje, že si ani neuvědomují, jaké mají štěstí žít ve Wayward Pines. Ethan nabádá Kate, aby se k němu připojila, jestli má zájem utéct z města. Mezitím Ethanova manželka Theresa a jeho syn Ben se blíží k Wayward Pines. Natož je zastaví šerif Pope s odůvodněním, že jim teče olej. Ve skutečnosti jim poškodí jejich auto, což jim způsobí pozdější lehkou autonehodu. Mezitím se Ethan tajně schovaný v dodávce s jídlem dostává na neznámou stanici, kde posléze nachází i auto své ženy s jejími věcmi. Vzápětí je zpozorován, následně zdrogován a opět poslán do nemocnice, kde mu je řečeno, že jeho žena a syn před chvílí odešli. Po příchodu domů se všichni tři konečně střetávají.

Ethan a jeho rodina se vrací z lesa, kde se jim postavil do cesty šerif Pope. Ethan prozrazuje Therese, že pátral po dvou agentech. A jeden z nich je i Kate, s níž měl i poměr. Po příchodu do kanceláře šerifa je Ethan starostou Fischerem jmenován novým šerifem ve Wayward Pines. Bena čeká první den ve škole, kde ho bude učit shodou okolností starostova žena Megan. Mezitím vede Ethan zajímavý rozhovor s Peterem McCallem, který mu přiblíží jeho minulost. Tímto však poruší přísná pravidla komunity, podle nichž nesmí mluvit o minulosti, a musí zemřít.

Ethan se dostává přes skálu z Wayward Pines a snaží se nalézt nejbližší civilizaci. Cestou lesem potkává velmi divná stvoření, která jsou nejspíše výsledkem genetické mutace, a hlavně se k němu chovají nepřátelsky. Theresa dostává novou práci v realitní kanceláři, kde má za úkol ubytovat nové příchozí tváře do Wayward Pines. Prvním takovým je Wayne Johnson, za kterým jde do nemocnice. Ihned poznává, že by z něj mohla dostat cenné informace, ale musí si dávat pozor, jelikož jsou pod neustálým dohledem. Ben si začíná zvykat na novou školu. Jako nováček je dokonce pozván na orientační sezení, kde se dozví o všem pravdu. Také je mu řečeno, že je členem První Generace, v nichž se nacházejí pouze vyvolení, aby zachránili lidskou rasu.

David Pilcher bere Ethana sebou do velícího střediska, odkud vedou všechny operace, která se týkají Wayward Pines. Dokonce ho i zásobují a doufají, že jednou bude město zabezpečené. V komplexu se nachází přes 200 dobrovolníků, kteří zasvěcují život, aby pomohli přežít Wayward Pines. Mezitím se Ben snaží vstřebat všechny informace o První Generaci, jež mu byly nedávno poskytnuty od Megan Fischerové. Kate a její manžel plánují ve městě novou rebelii a snaží se do ní zatáhnout i Theresu.

Po návratu z řídícího centra se Ethan snaží přemluvit svou ženu Theresu, že svět již není, jak si ho pamatovali. Že je dokonce rok 4028. Ta mu nevěří a myslí si, že je pod vlivem nějaké látky, kterou mu vpravili do těla, když byl pryč. Ve škole se Ben a Amy začínají učit o lidské anatomii a jsou připravováni, že jednou zplodí další generaci, která bude žít ve Wayward Pines. Mezitím Kate a její muž Harold dokončují přípravy na útěk z města. A tak Ethan musí udělat vše proto, aby jim jejich plán překazil.

Po nočním výbuchu kamionu se Ben a Amy nacházejí v nemocnici. Ti zodpovědní se skrývají v lesích. Ethan chce je rychle najít než udělají něco strašnějšího, co by mohlo ohrozit celou komunitu. Bena v nemocnici navštěvuje i jeho učitelka Megan, která se snaží skrytě podrýt autoritu jeho rodičů. Dr. Jenkins neboli David Pilcher začíná být nervózní z oné nehody a neklidem mezi obyvateli Wayward Pines. Pam ho žádá, ať uskuteční ve městě nějakou oslavu, kde by si lidé mohli opět odpočinout a zažít hezčí chvíle. Současně Dr. Jenkins zjišťuje, že v jeho týmu je zrádce a chce ho exemplárně přede všemi potrestat.

Ochranná zeď kolem města je prolomena. Monstra si rychle najdou svoji kořist a ucítí, že se mohou dostat i někam dále za zeď. V tu chvíli ale přijíždí Ethan a zabezpečuje dané místo, aby se už nic nedostalo do Wayward Pines. Situaci vyčítá Davidu Pilcherovi. Kdyby lidem řekl pravdu, co se skutečně nachází za zdí, žádné problémy by již nevznikaly. Pilcher si však nenechává do ničeho mluvit a chce vládnout tvrdou rukou. Nyní musí Ethan společně s Kate a Theresou vymyslet plán, jak říci lidem tvrdou realitu, o světě tam venku, který už neexistuje.

Obrana Wayward Pines je vážně narušena, když David Pilcher vypíná všechny možné zdroje energií, která brání dostat se krvelačným bytostem do města. Pamela přemlouvá Davida, aby pochopil, že umřou stovky lidí, celá populace, když něco neudělá. Ten je ovšem zhrzen natolik, že je raději nechá vyhubit. Mezitím Ethan má plán, jako lidi zachránit. Ve městě je skrytý tajemný bunkr. V něm vede cesta skrze tunel až k horám, kde má základnu Pilcher. Pro Ethana a jeho lidi je to poslední šance, jak si zachránit život.