Im Jahre 200X sind alle Menschen mit einem zentralen Computersystem verbunden. Jeder besitzt einen tragbaren Computer, der eine virtuelle Figur, den NetNavi, enthält. Der NetNavi „lebt“ im globalen Netzwerk und ist nach den Fähigkeiten seines Besitzers gestaltet. Der kleine Lan Hikari ist überglücklich, als er von seinem Vater seinen eigenen NetNavi namens MegaMan erhält.