Auf Team Scorpion wartet vor Halloween ein neuer Auftrag: Walter und seine Leute sollen ein Höhlensystem infiltrieren, um eine Fledermauskolonie davon abzuhalten, das Ökosystem in den USA zu zerstören.

Walter hat ein lukratives Angebot zu Gunsten einer Schatzsuche auf dem Ozean ausgeschlagen. Team Scorpion sticht mit zwei Booten und der Schatzsucherin Joan in See. Doch auf dem Schiff von Walter und Paige gibt es Probleme: Kurz bevor es explodiert, springen die beiden von Bord. Nun treiben sie im Ozean – ohne Funk und ohne ein Notsignal abgesetzt zu haben. Jetzt kommt es auf den Einfallsreichtum von Team Scorpion an.

Team Scorpion steht vor einer Naturkatastrophe ungeahnten Ausmaßes, die es zu verhindern gilt. Durch ein Erdbeben sind bei einem Kernkraftwerk einige kleine Risse entstanden, die sie reparieren müssen. Ein weiterer Erdstoß macht ihnen allerdings einen Strich durch die Rechnung – und damit nicht genug: Das zweite Erdbeben löst einen Tsunami aus. Doch wie soll das Team eine riesige Flutwelle aufhalten? Toby hilft unterdessen Amy, deren Identität gestohlen wurde.