Escha Malier beginnt ihren ersten Tag als offizielle Alchemistin in der Forschungs- und Entwicklungsabteilung der Stadt Colset unter der Aufsicht des leitenden Beamten Colland Grumman, seines Sohnes und des Schatzmeisters Solle sowie der Leiterin der Forschungs- und Entwicklungsabteilung Marion Quinn. Dort hat sie ein unangenehmes erstes Treffen mit dem Alchemisten Logix "Logy" Fiscario, der ebenfalls ein Neuling in der Division ist. Später werden Escha und Logy beauftragt, die Windmühle des örtlichen Apfelgartens als ersten Auftrag zu reparieren

Escha und Logy treffen Linca, eine Schwertfrau, die Marions enge Freundin und Leibwächterin ist. Später werden sie beauftragt, einem nahe gelegenen Dorf nördlich von Colset zu helfen, das aufgrund von Umweltverschmutzung nur wenig Wasser hat. Während Escha darauf wartet, dass der Transportballon der Stadt, ihr einziges effizientes Transportmittel, repariert wird, kauft er bei der neuen Ladenbesitzerin Katla Larchika ein alchemistisches Buch, das Anweisungen zur Herstellung der Flasche der Reinheit enthält, eines Arzneimittels

Obwohl es der Flasche der Reinheit gelingt, die Wasserversorgung des Dorfes zu reinigen, erfahren Escha und Logy, dass die Verschmutzung von der Wasserquelle stammt, einer Reihe von Ruinen, die sich stromaufwärts befinden und weiterhin bestehen bleiben. Als Escha erkennt, dass die Flasche der Reinheit das Wasser nicht für immer sauber hält, beschließt er, mit Logy, Nio und Wilbell zu den Ruinen zu reisen und die Ursache der Verschmutzung zu untersuchen.

Während Wilbell sich in ihrem neuen Wohnsitz in Colset niederlässt, interessiert er sich für Eschas künstlichen S*, und Escha erklärt, dass ihre verstorbene Alchemistin Miria ihn als Geschenk und Accessoire für sie geschaffen hat, damit sie sich nicht einsam fühlt. Später, als Escha versucht, Möbel von Katla zu kaufen, erfährt sie, dass die Massenproduktion und der Verkauf ihres S* erhebliche positive Auswirkungen auf die Wirtschaft von Colset haben können, die hauptsächlich von ihren Äpfeln abhängig ist. Obwohl sie sich zunächst weigert, Alchemie nicht als Mittel zum Geldverdienen nutzen zu wollen, beschließt Escha schließlich, sie neu zu erschaffen, sondern nur, um mehr über Miria zu erfahren. Nach fehlgeschlagenen Versuchen, etwas über den S* zu lernen, finden Escha und Logy ein Märchenbuch

Lucille Ernella, eine Fachärztin, kommt aus Central, um in der Forschungs- und Entwicklungsabteilung zu arbeiten. Sie wird unter die Aufsicht von Escha und Logy gestellt, obwohl sie sich im Vergleich zu ihren Kollegen als ziemlich fähig erweist. Während eines Einsatzes in der Stadt kauft Lucille trotz seines ungewöhnlich hohen Preises ein seltenes Spielzeug von Reyfer. Sie schließt auch eine Freundschaft mit den Homunkuli von F & E. Später wird die Forschungs- und Entwicklungsabteilung beauftragt, Medikamente zur Verhinderung einer Epidemie vorzubereiten, und Lucille meldet sich freiwillig, um die Aufgabe zu erledigen. Sie lehnt jedoch jegliche Unterstützung durch die anderen Mitglieder ab und erledigt die Arbeit selbstständig

Escha wird von ihrem Vater Faul beauftragt, einen neuen Weg zu finden, um die Ernte im örtlichen Obstgarten zu verbessern. Während sie sich freiwillig im Obstgarten melden, beschließen Escha, Logy und Lucille, Äpfel zu nehmen, die beim Ausdünnen der Früchte weggeworfen wurden, und sie für ein neues Rezept zu verwenden. Auf der Suche nach Ideen beschließen sie und ihre Freunde, gleichzeitig mit einem Esswettbewerb im örtlichen Restaurant einen Wettbewerb abzuhalten, um nach Rezepten zu suchen. In der Zwischenzeit wird Logy vom Restaurantbesitzer Duke Beriel als Kandidat für den Esswettbewerb ausgewählt und beauftragt, weitere Teilnehmer zu finden. Er überzeugt schließlich Awin, Linca und Reyfer, ebenfalls Kandidaten zu werden. Am nächsten Tag beginnt das Doppelereignis; Nachdem Linca den Esswettbewerb gewonnen hat, probiert sie die Rezepte von Escha und den anderen aus und obwohl sie alle mag, wählt sie Wilbell's als ihren Favoriten. Linca

Die Mitglieder der Forschungs- und Entwicklungsabteilung bereiten sich auf die Ankunft eines Wirtschaftsprüfers vor, um ihre Arbeit zu überprüfen. Escha und Linca werden nach dem Reinigungsdienst in die Pause eingelegt. Während Linca mit Nio Tee trinkt, muss sie nach einer Konfrontation mit Wilbell gehen, der erklärt, dass Linca sie in der vergangenen Nacht unprovoziert angegriffen hat. Später kommt der Wirtschaftsprüfer Micie Sun Mussemburg in der F & E-Zentrale an und ermahnt Linca zu einer bisher unbekannten Begegnung. Während Escha und Logy Zutaten sammeln, finden sie Linca im Restaurant, trinken und zeigen ungewöhnliche Manierismen

Nachdem alle Aufträge für das Quartal abgeschlossen sind, beginnt die Forschungs- und Entwicklungsabteilung ihren Urlaub. Wenn niemand eine Idee hat, wie er seinen Urlaub verbringen soll, erscheint Wilbell und überzeugt sie, sie auf einer Reise mit heißen Quellen nahe der Basis eines Vulkans zu begleiten. An den heißen Quellen genießen die Mädchen das Wasser, während Logy und Awin die Zelte aufbauen, in denen Logy von Winins Traum erfährt, mit seinem eigenen Ballon ans Ende der Welt zu reisen. Später werden die Mädchen vom Flammenherrscher angegriffen, einem Feuergeist, der in den Quellen lebt. Wilbell enthüllt ihr wahres Motiv, zu den Quellen zu gehen: den Flammenherrscher zu finden und einen Vertrag damit zu schließen, um ihrem Ältesten zu beweisen, dass sie ihre Ausbildung in Hexerei fortgesetzt hat

Während Escha, Logy, Threia und Reyfer eine weitere Reihe von Ruinen erkunden, entdeckt Escha eine Platte mit den unerforschten Ruinen und einem darüber schwebenden Mädchen. Die Gruppe entdeckt später ein großes Wandbild. In der Forschungs- und Entwicklungszentrale erklärt Threia, dass das Wandbild den Bau der Ruinen darstellte, in denen sie sich befanden. Es war eine Anstrengung der Teamarbeit mehrerer Länder, die nach einer Möglichkeit suchten, Pflanzen in einem kargen Land zu züchten, obwohl sie erfolglos blieben und ihre Zivilisationen starben am Ende aus. Da Threia weitere Informationen benötigt, beschließt sie, F & E aufzufordern, nach Wegen zu suchen, um die unerforschten Ruinen zu erreichen

Eschas Cousin Awin und sein Team von Mechanikern haben an einem Luftschiff gearbeitet, das sicher zu den unerforschten Ruinen fahren kann, aber einige Schlüsselkomponenten für den Bau fehlen. Auf der Suche nach Zutaten erfährt Escha, dass Logy in der Vergangenheit am Bau von Luftschiffen beteiligt war, aber ein tragischer Unfall ließ ihn seine Träume aufgeben und sie beschließt, ihn zu ermutigen, sich eine weitere Chance zu geben.

Escha und ihre Freunde steigen in ihr neues Luftschiff und erreichen endlich die unerforschten Ruinen, wo sie ein rätselhaftes Mädchen namens Flameu treffen, das sie vertreibt. Zu Hause lernt Escha von ihrer Pflegemutter, dem Automaten Clone, die wahre Geschichte hinter Flameus tragischer Vergangenheit und beschließt, in die Ruinen zurückzukehren, um ihr zu helfen.

Zurück zu den Ruinen konfrontieren Escha und ihre Freunde Flameu und lassen sie sich an ihre Vergangenheit erinnern. Sobald sie sich von dem Gerät befreit, das sie an die Ruinen bindet, fallen sie zu Boden und Flameo begibt sich in unbekannte Teile, nachdem er Escha und Logy für ihre Hilfe gedankt hat. Einige Zeit später wird Logy aufgefordert, in der Hauptstadt zu arbeiten, und die beiden Alchemisten trennen sich ebenfalls.