Unheimliche Geräusche hallen nachts durch den Zoo. Marlene wird durch das gruselige Heulen in Angst und Schrecken versetzt. Um ihre Furcht zu besiegen, wagt sie sich mit Skipper in die Kanalisation und sucht nach dem Ursprung der nächtlichen Lärmbelästigung. In den dunklen Tiefen wartet eine Überraschung auf die beiden Abenteurer...

Durch Skippers Schuld verliert König Julien seine heiß geliebte Krone, die in der Kanalisation landet. Ohne dieses herrschaftliche Utensil kann der Chef-Lemur selbstverständlich nicht auskommen. So müssen die Pinguine sich auf einen gefährlichen Trip in den übelriechenden Untergrund von New York wagen und die Krone wiederbeschaffen...

Durch eine Verkettung unglücklicher Umstände verlieren die Pinguine den Zugang zu ihrer Lieblingsspeise: Popcorn! Natürlich scheuen Skipper und seine Truppe weder Kosten noch Mühen, um sich den schmackhaften Snack wieder zu beschaffen...

Durch einer Sonnenfinsternis denkt Julien, dass er die 'Luftgeister' verägert hat und er möchte nun zu allen Zootieren nett sein. Doch die Zootiere möchten das nicht, da Julien nervt und die nächste Sonnenfinsternis kommt erst in 27 Jahren...

Kowalski accidentally creates a living blob of jelly... with a big appetite.

Bent on an agenda to take over the world, the penguins' mad dolphin nemesis, Dr. Blowhole, kidnaps King Julien in an effort to lure the flightless force into a trap so that he can annihilate them once and for all. It’s up to the penguins to spring the trap before Blowhole’s plan to flood the Earth comes to fruition.

Entschlossen die Welt zu erobern, entführt der Erzfeind der Pinguine Dr. Seltsam König Julien mit dem Ziel, die flugunfähige Kraft in eine Falle zu locken, damit er sie ein für allemal vernichten kann. Es ist an den Pinguinen, der Falle zu entkommen, bevor der Plan Seltsams, die Erde zu fluten, zum Tragen kommt.

Skipper ist auf einer Streng Geheimen Mission ganz alleine in Shanghai unterwegs. Dort tapt er in eine Falle von Lars und verliert dabei sein Gedächtnis, irritiert wacht er Später auf einer einsamen Insel auf. Dr. Seltsam ,der mit Lars unter einer Decke steckt, hat in der Zwischenzeit das Pinguinhauptquatier geortet...