Es ist die Zeit der Bürgerkriege. Kagemitsu, Fürst von Daigo, schließt mit Teufelsgöttern einen Handel: Im Tausch für das Wohlergehen seines Landes gibt er seinen neugeborenen Sohn. Jahre später attackiert eines Tages ein Monster den kleinen Dieb Dororo. Da wird er von einem mysteriösen jungen Mann gerettet, dessen ganzer Körper künstlich zu sein scheint.

Die Festung von Daigo steht in Flammen und das Schicksal treibt mit den leiblichen Brüdern sein grausames Spiel. Von unterschiedlichen Gefühlen getrieben, eilen Dororo, Jukai und Nui zur Burg. Welche Überraschungen hält das Leben für Hyakkimaru noch parat?