Shinji wird von seinem Vater ins Hauptquartier der Geheimorganisation NERV bestellt. Als er ankommt, wird die Stadt von einem Monster, das als Engel bezeichnet wird, angegriffen. Shinji muss mit den ebenso gigantischen Roboter Evangelion gegen das Ungeheuer kämpfen.

Da Shinji eine Unterkunft braucht, nimmt ihn die hübsche NERV Mitarbeiterin Misato, die sich schon seit seiner Ankunft um Shinji kümmert, bei sich auf. Während er versucht sich an das neue Leben zu gewöhnen, quälen ihn die Erinnerungen an den Kampf mit dem Engel.

Misato landet zusammen mit Shinji auf einem Flugzeugträger der UN-Pazifikflotte, die den neuen Evangelion 02 nach Japan transportiert. Sie lernen auch dessen Piloten kennen – die temperamentvolle Asuka, das Second Child, als plötzlich der Sechste Engel auftaucht.

Alle drei Evas sind gestartet, um den Kampf gegen den 12. Engel aufzunehmen. Herkömmliche Waffen erweisen sich jedoch als nutzlos, und Einheit 01 versinkt im Schatten des Engels. Als seinem Lebenserhaltungssystem die Energie ausgeht, gleitet Shinji langsam in die Bewusstlosigkeit hinüber …

Asukas Synchronwert sinkt immer weiter, sehr zur Sorge von Ritsuko und Misato. Ihre Frustration darüber lässt Asuka an Shinji und Rei aus. Als ein weiterer Engel im Erd-Orbit gesichtet wird, hofft Asuka mit einem Sieg ihren Ruf wiederherzustellen.

Shinji hadert mit seiner Entscheidung, den letzten Engel zu töten und stellt sich die Frage, warum er EVA-Pilot ist. Während er sich aufzulösen scheint, erklärt Gendo ihm, das sei nur die Rückkehr zum Ursprung, in den Schoß, der den Menschen genommen wurde.

Während das Projekt zur Vollendung der Menschheit seinen Abschluss findet, überkommt Shinji das Gefühl seine Existenzberechtigung verloren zu haben. Nach einem Blick auf eine andere mögliche Welt wird ihm klar, dass die Beschaffenheit der Wirklichkeit von der eigenen Wahrnehmung abhängt.