Nachdem die 2. Außenstelle von NERV beim Einbau einer experimentellen S2 Engine in Eva Einheit 04 spurlos verschwunden ist, veranlasst die U.S. Regierung den Transport von Einheit 03 nach Japan. Währenddessen wird der zukünftige Pilot von Einheit 03 ausgewählt – das Fourth Child.

Asukas Synchronwert sinkt immer weiter, sehr zur Sorge von Ritsuko und Misato. Ihre Frustration darüber lässt Asuka an Shinji und Rei aus. Als ein weiterer Engel im Erd-Orbit gesichtet wird, hofft Asuka mit einem Sieg ihren Ruf wiederherzustellen.