Podzemní výtah Thomase vyvezl na louku obklopenou vysokými zdmi. Vůbec na nic si nepamatuje, dokonce si zpočátku nevzpomíná ani na vlastní jméno. Hned po příjezdu jej přivítá skupina dalších mladíků, které již dříve potkal stejný osud. Vytvořili zvláštní komunitu, která se na tom podivném místě snaží přežít a zároveň neúnavně hledá únikovou cestu. Možnost utéct mají každé ráno, kdy se ve zdi otevírá obrovská brána. Ta jim však pouze umožňuje vstoupit do obrovského a neustále se měnícího bludiště, které jejich nový domov obklopuje. Nejlepší a nejodvážnější běžci hledají cestu ven a postupně mapují jednotlivé části labyrintu. Mají na to jen čas vymezený denním světlem, večer se brána uzavírá a kdo se nestihne včas vrátit, mezi stěnami labyrintu nepřežije. Zůstane po něm jen přeškrtnuté jméno vyryté na stěně. Labyrint se totiž v noci mění na děsivé místo plné nejrůznějších nástrah, kvůli nimž se pravděpodobnost přežití v jeho útrobách limitně blíží k nule.

Když Thomas a jeho kamarádi dokázali uniknout z vražedného labyrintu, doufali, že se dokážou vrátit ke svým starým životům. Nemohli se ale splést víc. Místo svobody je čekal pouhý postup do druhé fáze zkoušky připravené organizací Z.L.S.N. Pro Thomase a ostatní přeživší Placery z labyrintu tak běhání zdaleka nekončí. Jejich další útěk je zavede na Spáleniště, nejvíce sežehnutou část planety, krajinu plnou nepředstavitelných překážek. Sluneční erupce sežehly Zemi na popel a proměnily ji v pustinu. Světové vlády se zhroutily – a s nimi i řád a právo. Rozpadajícími se troskami měst teď bloudí takzvaní „raplové", lidé pokrytí hnisajícími ranami, které nakažlivý virus dohnal za hranu příčetnosti. Jejich jediným cílem je najít cokoliv živého, aby se nasytili. Thomas a jeho přátelé musí rychle najít bezpečné útočiště a organizace Z.L.S.N. se stará o hlavně to, aby jim šance na přežití nastavila v jejich neprospěch…

V epickém finále trilogie Labyrint vede Thomas svou skupinu unikajících Placerů na jejich poslední a nejnebezpečnější misi. Musejí se poprat o naději ve světě, který se hroutí pod tíhou zákeřné nemoci, musejí bojovat o přežití mezi nakaženými a nepříčetnými „raply“ na straně jedné a nevyzpytatelnou organizací Z.L.S.N. na straně druhé. Mohou vůbec ještě někomu a něčemu věřit? Aby Thomas zachránil sebe i své přátele, musí proniknout do legendárního Posledního města, labyrintu řízeného Z.L.S.N. Toto místo se může stát nejhroznějším bludištěm ze všech. Ten, kdo tuto misi přežije, získá odpovědi na všechny otázky, které si Placeři položili od chvíle, kdy poprvé dorazili do labyrintu.