Tomoya Aki arbeitet in Teilzeit, um seine Anime-Blu-ray-Sammlung finanzieren zu können. Eines Nachts rennt er auf dem Weg nach Hause zufällig in das schönste Mädchen, das er je gesehen hat. Als Hobby-Spieleentwickler gestaltet er die Heldin seines neuen Spiels nach dem Mädchen, das er zuvor auf seinem Heimweg traf. Ein Monat ist seit jeher vergangen und Tomoya findet schließlich heraus, dass dieses Mädchen Megumi heißt und seine Klassenkameradin ist. Ihre Präsenz ist jedoch sehr schwach. Tomoya trifft allerdings noch auf weitere Probleme: Da er weder künstlerisches, noch literarisches Talent besitzt, muss er zwei seiner Klassenkameraden davon überzeugen, dies für ihn zu übernehmen. Schafft es Tomoya ein anständiges Spiel für den Markt zu entwickeln?

Sakurasou, das Wohnheim für Problemschüler. Hier lebt Kanda Sorata. Eines Tages zieht die junge Shiina Mashiro dort ein. Sofort fühlt sich Kanda zu ihr hingezogen und betraut sich selbst mit der Aufgabe, sie vor den "wirklichen" Problemschülern zu beschützen. Doch Shiina ist nicht wie jedes andere Mädchen: Zum einen sehr talentiert und begabt, zum anderen nicht in der Lage, allein zu leben. Dies führt in eine sehr unwillige Beziehung...

Tatsuhiro Satou ist bereits seit fast vier Jahren ein so genannter "Hikikomori"; abgeschottet von der Außenwelt lebt er wegen seiner selbst auferlegten Isolation allein in seiner Wohnung. Allerdings trifft er eines Tages auf Nakahara Misaki, ein mysteriöses Mädchen, das sich dazu entschlossen hat, Satou von seinem Hikikomori-Dasein zu befreien. Obendrein muss er mit seinem Otaku-Nachbarn, Yamazaki Kaoru, ein Hentai-Game produzieren und seine Beziehung zu seiner Senpai, Kashiwa Hitomi, einer Verschwörungstheoretikerin, in den Griff bekommen. Welcome to the NHK! ist der witzige, doch sehr aufrichtige Versuch einer Selbstprüfung des Hikikomori Satou und die deprimierende Wahrheit über das wahre Leben.