主角是为了追捕暗杀了建设公团理事长的犯人而登上了太平洋海底列车马林·艾库斯布莱斯的私家侦探伴俊作。他与包括黑杰克在内的手冢治虫笔下的人气角色在一起，在列车上来了一次直达太古MU大陆的时间旅行！

The plot of Marine Express can be described in two parts. The first part focuses on the people boarding the train and the problems they encounter on it. The second part takes place after the train has stopped at its half-way point, an island that used to be home to an ancient civilization millennia ago and has its fair share of secrets.

Im Jahre 2002 steht die Jungfernfahrt des ersten unterseeischen Express-Zug, der Marine Express, bevor, die zwischen den Vereinigten Staaten und Japan verkehren soll. Der Chefingenieur hat den verdacht die Testfahrt solle zu unredlichen Zwecken missbraucht werden und heuert daher den Privatdetektiv Ban Shunsaku an. Als dieser jedoch beim Haus seines Klienten eintrifft, sieht er gerade noch dessen Mörder flüchten. Mit einem vagen Eindruck vom Gesicht des Täters begibt sich Shunsaku an Bord des Marine Express um dem Fall auf den Grund zu gehen …

La storia è ambientata su di un avanzato treno sottomarino che a causa di un incidente compie un'inaspettato balzo nel tempo. I passeggeri, ognuno con la propria storia, si ritrovano cosi in un lontano passato e dovranno lottare con la regina del regno contro un perfido usurpatore, Oltre all'ottima storia è divertente vedere i personaggi delle altre opere di Tezuka lavorare qui come attori, tra gli altri Zaffiro (adulta e regina del regno), Atom (in italia Astroboy), Kimba e altri.

2002年、人類最先端の海底超特急「マリンエクスプレス」の開業を前に、招待客を乗せて試運転が行われようとしていた。 日本へ向けロサンゼルスを発車した超特急に乗り込んだのは、日米の計画責任者と関係者たち。その中には列車に忍び込んだ殺人犯を追ってきた私立探偵、計画を成功させることに情熱をもった若い運転士、密かにマリンエクスプレスの破壊を計画する関係者、それに試運転を利用し武器の密輸を企む一団などがいた。 様々な思惑を乗せて走る列車は数々のアクシデントに遭遇し、やがては太古の世界のムー帝国とインベーダーとの争いにも巻き込まれて行く。

때는 2002년, 세계 최초의 해저 열차인 마린 익스프레스는 개통을 앞두고 시범 운행에 들어간다. 미국 로스앤젤레스에서 출발한 열차는 태평양을 횡단해 일본 도쿄로 향한다. 열차에는 설계자 '나젠코프' 박사와 임시 기장인 아들 '록 나젠코프', 미국과 일본의 고위 공직자 등이 탑승했는데, 그중에는 사립 탐정 '반 슌사쿠'도 있었다. 살인범을 추적하던 그는 해저 열차를 악용하려는 무기 밀수 조직의 음모를 알아낸다. 한편, 열차를 만든 것을 후회하는 나젠코프 박사는 로봇 '아담'에게 열차 폭파 명령을 입력해 둔다. 폭파 시간이 다가오던 그때, 열차는 갑자기 1만 년이나 떨어진 무 제국으로 이동한다. 록 일행은 그곳에서 '사파이어' 여왕을 도와 침략자 '샤라쿠' 왕자에게 대항한다. 무 제국에는 다시 평화가 찾아오고, 반 슌사쿠는 차원 비행 장치를 통해 원래 세계로 돌아온다.