在地球被摧毁后，最后一批人类士兵为了种族的最后一丝逃生和生存机会，与机器展开了殊死搏斗。

故事開始於索拉諾伊德與帕拉諾伊德（Paranoids）之間的戰爭即將結束之時。由於長期的戰爭，索拉諾伊德文明幾乎滅絕，僅存的科學家為了確保種族的延續，啟動了一項稱為 「TERRA 計畫」 的終極方案。 TERRA 計畫的核心目標 是將索拉諾伊德的遺傳基因與帕拉諾伊德的遺傳因子結合，以創造一個新的生命體——這些生命體最終成為了地球上的人類。這個計畫被執行於一顆適合生存的行星，而這顆行星正是地球。 主角 「Rhea」 是最後一批索拉諾伊德戰士之一，她的母艦因戰爭而嚴重損毀，迫降在 TERRA 計畫的執行地點附近。在這顆星球上，她發現了一群被基因改造過的生物，這些生物擁有索拉諾伊德與帕拉諾伊德的特徵，正在經歷生命演化的早期階段。 然而，帕拉諾伊德並不願意讓這個計畫順利進行。他們派出最後的攻擊力量，試圖摧毀 TERRA 計畫，確保索拉諾伊德完全滅絕。Rhea 與少數倖存者決定奮戰，保護這些未來的人類。最終，Rhea 在與敵人的戰鬥中犧牲，但她的努力確保了 TERRA 計畫成功，人類文明得以誕生。 結局暗示，索拉諾伊德與帕拉諾伊德的基因融合，使地球上的人類成為一個全新的種族，擺脫了過去兩個種族的宿命。然而，遺傳因子中仍然保留著過去戰爭的影響，這也為後續《Earth Chapter》中人類與機械勢力（MME）的衝突埋下伏筆。

De laatst overgebleven menselijke soldaten van een verwoeste aarde vechten tegen de machines voor een laatste kans voor hun soort om te ontsnappen en te overleven.

The last remaining human soldiers of a devastated Earth fight against the machines for one last chance for their species to escape and survive.

La race des solnoids n'est plus depuis des millions d'années, quand, en 2085, un scientifique, suite à la découverte sur la lune d'une capsule contenant tout le savoir solnoid, réactive par accident les paranoids. Cette nouvelle menace prend la forme de l'intelligence artificielle GORN, qui déclenche un holocauste nucléaire sur la terre, avant de lâcher ses machines tueuses à l'assaut des survivants, alors même que l'existence de vieilles rancœurs et rivalité empêchent les factions humaines de coordonner une résistance efficace. L'ultime espoir est d'évacuer les survivant de la race humaine vers les colonies de Mars. Parmi ces survivants, plusieurs combattantes rassemblées par un destin et des vies antérieures communes, vont former une nouvelle Gall Force.

Das Jahr 2085: die menschliche Zivilisation liegt in Trümmern, nachdem ein Wissenschaftler blutrünstige Alien-Maschinen zum Leben erweckt hat. Eine Frau stellt sich gegen diese unerbittliche Armee – sie vereint die überlebenden Menschen zum alles entscheidenden letzten Gefecht, das auf dem Mars ausgetragen wird …

Nel ventunesimo secolo, l'umanità scopre alcune testimonianze di tecnologia aliena sulla Luna, che sono di fatto i resti degli eventi di Eternal Story. I governi terrestri partendo da quei reperti, sviluppano nuove armi e nuove tecnologie, incluse forme di vita artificiali. Tuttavia queste nuove tecnologie provocano forti guerre e la distruzione totale del pianeta, ed i pochi sopravvissuti devono vedersela con i risorti paranoids, adesso conosciuti come NME, pseudonimo di "Enemy".