One day Anpanman finds a big cloud over the sea, home to the School for Witches. One of the students, Lyrica, makes friends with Anpanman and leaves to join his gang. One night Baikinman and Dokinchan sneak into the teacher's room and steal the magic book, stick and glasses. Baikinman uses great magic, making the school a dark world. Will Lyrica come back to her school and friends ...?

ある日、アンパンマンが海の上に大きな雲を見つけた。そこは立派な魔女になるために魔法の勉強をする『まほうの学校』であった。 アンパンマンが帰る時、生徒の1人であるリリカが送ってあげることになった。リリカはそこでジャムおじさん達と仲良くなり、しょくぱんまんやどんぶりまんトリオに魔法を見せてあげた。その時、その様子を見ていたばいきんまんとドキンちゃんがまほうの学校へと向かい、転校生に扮したのだが、呪文は滅茶苦茶で薬も作れない。そのため先生を困らせていた。 その夜、ばいきんまんとドキンちゃんは先生の部屋に忍び寄り、先生が寝た時を見計らって、大魔法が使える魔法の本と、杖と眼鏡を奪うことに成功。ばいきんまんは大魔法を使い、学校を闇の世界にしてしまう。 魔法の島に到着したアンパンマン達は学校内で何かあったことに気づき学校の中に入るのだが、様々な罠が仕掛けられていた。ここでリリカは誰かが魔法を使っていることに気づいた。しかも先生や仲間達は、大魔法で別の姿に変えられてしまっていた。ジャムおじさん達も学校内での様々な罠に巻き込まれ別の姿に変えられてしまい、アンパンマンもやられてしまった。 リリカは1人でばいきんまんに立ち向かうことに…。果たしてリリカは、学校や仲間達を元に戻すことが出来るのだろうか…。

- 수리수리 마-수리 마법의 나라로!! - 꼬마마녀 리리카- 마법에 걸린 친구들을 도와줘!! 마법의 섬에서 만난 소녀 리리카는 마녀가 되기 위해 마법학교에 다니고 있다. 그런데 호빵맨과 함께 잼 아저씨의 빵공장에 들렀던 리리카에게서 마법학교 애기를 엿들은 세균맨과 짤랑이가 마법학료로 찾아가 전학생인 척하며 마법을 배운다. 그러나 선생님의 마법책을 빼앗아서 섬 전체에 마법을 걸어 버린 세균맨. 이때 호빵맨과 친구들이 도착하지만 세균맨의 강력한 마법 때문에 아무 힘도 쓸 수가 없는데 (원제 : 극장판 날아라! 호빵맨 : 리리컬☆매지컬 마법의 학교)