一群盗贼为了寻找传说中的宝藏而去到远海的孤岛监狱，但他们却发现了被囚禁在那里的Hakaider，最后全被Hakaider杀死。失去记忆的Hakaider为了追寻身世而来到了“基督城”，基督城虽然表面上是一个和平的都市，但其实内里统治者古谢夫将有反抗意识的人改造为不反抗者，营造出一片虚假的和平。其后Hakaider在与基督城的重武装兵交战时，当地的反抗组织出手相助，战斗后Hakaider与组织成员一同返回地下基地。在基地内，Hakaider与一名叫薰的少女产生了微妙的关系…… 　　得知Hakaider出现的古谢夫命令重武装兵将它消灭，因为Hakaider为古谢夫所制造，但由于不服从命令而被囚禁，Hakaider的出现无疑会危及他的统治。在古谢夫的亲卫机器人米迦勒的带领下，重武装兵突袭反抗组织基地，薰因此而丧生。袭击后得以存活的Hakaider无比愤怒，为了打倒古谢夫，Hakaider向着基督城的元老院进发……

In the far future, peace and violence walk hand in hand. The citizens of Jesus Town, a false utopia ruled by the iron fist of Gurjev and his cyborg enforcer Michael, long for a savior from their veil of peace. While a small band of rebels search for a new weapon to aid in their fight against Gurjev, a dark force begins to stir. Hidden far from civilization lies what could be the answer to everyone's prayers. After a long imprisonment, Hakaider, the Destruction Rider, is discovered by the rebel forces. Kaoru, a member of the rebellion, enlists Hakaider to aid in their fight. Now aware of the new menace, Gurjev seeks to crush the rebels and remove the threat of Hakaider once and for all. Will Hakaider prove to be a long desired savior, or an unstoppable force that will destroy all?

Dans un univers parallèle, la ville de Jesus Town est menée de main de fer par Gurjev qui contrôle les forces de police dirigées par le robot Mickael. C'est alors que survient Hakaider. Robot doté de capacités de combat le rendant redoutable, il entre de force dans la ville et cherche à attaquer Gurjev. Sa route croise alors celle d'un groupe de rebelles...

一見平和な街、ジーザスタウンは、独裁者グルジェフの牛耳る狂気の街だった。逆らうものには容赦なくロボトミー手術が施され、ロボット・ミカエルと重武装兵による恐怖の支配が行われていたのである。長い眠りから覚めたハカイダーは、バイク・ギルティにまたがりジーザスタウンへと突入！　ハカイダーと重武装兵の戦闘が開始された。

Aqui é apresentada uma aventura sombria ambientada em um futuro pós-apocalíptico. Na utópica cidade de Jesus Town, o líder Guljef e seu anjo mecânico Mikhael controlam a população que vive sem vontade própria. Contra eles, um grupo de renegados luta para levar liberdade ao povo. Hakaider, um andróide esquecido, se une a eles. Mesmo lutando pela liberdade e justiça, mostra todo seu lado sanguinário.