De actie vindt plaats drie jaar na de oorlog met het White Comet Empire. Yamato staat onder de controle van een nieuw team onder leiding van kapitein Kodai. Ze zullen te maken krijgen met een nieuwe vijand.

宇宙戦艦ヤマトら第65護衛隊はイスカンダルに突入。ガミラス移民船団をデザリアム艦隊から守りぬいた。デザリアムの目的は天の川銀河方向のいずこかにイスカンダルを移送することにあった。これを阻むべく、あえて古代は心に残るしこりを押し殺し、スターシャの面前で波動砲を撃つ決断を下す。 しかしデザリアム艦隊を波動砲で撃退したとき、自動惑星ゴルバが姿を現した。波動砲すら効かぬ圧倒的な防御力と火力を誇るゴルバ。もはやヤマトにもデウスーラⅢ世にも為す術はない。しかしイスカンダルにはガミラス移民船団と、スターシャたち王族が残されている。せめて彼らを救うべく尽力するも、ゴルバが妨害。スターシャもかたくなに惑星を去ることを拒否するのだった。やがて語られるイスカンダルの真実、ガミラスの真実。その恐るべき事実を知った古代とデスラーは、あらがえない現実を前に哀しくも苦しい決断を迫られる――。

Действие развернется спустя три года после войны с Империей Белой Кометы. "Ямато" находится под управлением новой команды, возглавляемой капитаном Кодай. Им предстоит столкнуться с новым противником.