由指挥官展瀚韬领导的飞虎队行动组ATeam，经过一年的合作，各队员渐渐成熟，合作更具默契，而面对的新挑战也接踵而来。随着旧拍档相继离队，俞学礼等ATeam成员摇身一变成为大师兄，以身作则带领一批新队员。大家都认定展瀚韬是总督察的最佳人选，但最后总督察却由潘子龙担任，众队员大表诧异之余，更要重新适应潘子龙的新作风。　　展瀚韬的最佳拍档、飞虎队狙击手庄卓源与女友丁慧慧彼此认定为终身伴侣，丁慧慧为支持庄卓源，深入了解庄卓源的工作，竟辞去空姐一职。庄卓源感情生活稳定，但工作上却遇到瓶颈。另一边，一心想成为女飞虎的苏文强，经过多重辛苦训练，终于如愿以偿。苏文强与俞学礼日久生情，二人正要确认彼此关系时，却出现了感情牵绊。　　飞虎队每次行动部署精密，但在一次行动中，一名飞虎队员却被指违反守则。其他队员团结一致保护犯错队友，只有展瀚韬公正不阿。向来团结的ATeam面临四分五裂，展瀚韬将如何化解危机？

The Special Duties Unit (SDU) continue to work coherently together. Still, new challenges constantly come up, including having to adjust to the different working styles of the new Chief Inspector.

During one particular hostage rescue mission, Jin Hon Tou encounters Chung Wai Yan, an undercover agent who is being chased by the triads. Her resourcefulness and bravery leave a deep impression on him. He helps her return to the Criminal Intelligence Bureau (CIB), and they gradually develop romantic feelings.

Phi Hổ 2 xoay quanh đội phi hổ gồm những thành viên xuất sắc là Du Học Lễ (La Trọng Khiêm), Trang Trác Nguyên (Lương Liệt Duy), Tô Văn Cường (Huỳnh Trí Văn) dưới sự dẫn dăt của người đội trưởng Triển Hãn Thao (Mã Đức Chung). Đội phi hổ có sự liên kết chặt chẽ với nhau, vào sinh ra tử và thân nhau như anh em ruột thịt.