In dem magischen Königreich CooKingdom werden die neuen Rezepte für gleich mehrere Welten entwickelt. Das Geheimnis liegt in den »Recipe-Bons«, dem größten Schatz des Königreichs. Doch als die diebische Phantom Bundle Gang die Bonbons stiehlt, gerät das ganze Reich in Aufruhr. Das Ziel der Bande ist es, die große Koch-Fee ReciPipi zu fangen, um die Kochrezepte aller Welten kontrollieren zu können.

Um noch Schlimmeres zu verhindern, werden die »Energy Fairies« in die Menschenwelt entsandt. Dort angekommen, landen sie schnell in Oishiina Town, wo auch die dreizehnjährige Yui Nagomi mit ihren Freundinnen Kokone Fuwa und Ran Hanamichi lebt. Mit Hilfe der Feen verwandeln sich die Mädchen in Pretty Cures, um die Recipe-Bons dorthin zurückzubringen, wo sie hingehören.