In the story, the Crypto Scroll enshrined in the ninja city of Kōka has been stolen, leading to a battle royal among ninja. Sakuya, Nemu, and Xiaolan were living their daily lives until they must unite their forces.

かつて、この国で忍者たちによる大きな戦いがあった。

生き残った甲賀、伊賀、風魔、雑賀の4つのクランは、それぞれが巨大な力を持つと言われる〈クリプト絵巻〉

を持つことで、互いの均衡を保っていた。

時は流れ、現代。

舞台は普通の街〈甲賀シティ〉

人々は忍者の存在を忘れていた。

甲賀忍者の〈咲耶〉は、忍者なのにとにかく目立ちたい！

友達の〈ネム〉、〈シャオラン〉と共に、〈忍ばない毎日〉を過ごしていた。

ある日、風魔のクリプト絵巻が何者かに奪われ、4つのクランによる戦乱が再び勃発。

咲耶、 ネム、シャオラン も戦いに巻き込まれてしまう。

現代をゆるく生きてきた3人は、戦乱の世を生き抜くことができるのかーー。