警視庁で「神の頭脳」と謳われながら、突如姿を消した兄。主人公・鳴海歩は、兄にも負けない頭脳を生かし、周囲で起こる事件に挑んでゆく。しかしそれは、「ブレード・チルドレン」と呼ばれる少年少女達と、そして、兄・鳴海清隆をめぐる謎の序章にすぎなかった…。