《星际迷航》最后一季共 24 集，始于 1968 年 9 月的“斯波克的大脑”。第三季还包括“寇克受困”，寇克被困在两个宇宙之间；2005 年前传系列《星际迷航：进取号》的两集《黑暗的镜像》（in a Mirror, darkness）中再次出现了这一集。该系列的最后一集“女性的复仇”于 1969 年 6 月 3 日播出，但《星际迷航》最终将以动画形式回归电视，《星际迷航：动画系列》于1973年9月首播。

寇克艦長與大無畏的企業號成員與眾多外星種族陷入危險爭端，克林貢人、羅穆蘭人、可預知未來的猿人等皆在衝突之列。

커크 선장과 용감무쌍한 엔터프라이즈호 선원들은 클링온, 로뮬란, 초능력을 가진 휴머노이드 등 다양한 외계 종족과 위험한 충돌을 겪는다.

Depois de sua segunda temporada, a NBC estava preparada para cancelar Star Trek devido aos baixos indíceis de audiência. Liderados pelos fãs Bjo e John Trimble, os telespectadores de Trek inundaram a NBC com cartas protestando contra o cancelamento da série e pedindo para a emissora renovar o programa para mais um ano. Depois da NBC ter concordado em produzir uma terceira temporada, ela prometeu a Gene Roddenberry que o programa iria ao ar em um horário favorável (segundas-feiras, às 19h30), porém mais tarde mudou a programação e colocou Star Trek no chamado "horário da morte" – sextas-feiras, às 22h00. Além da troca de horário na programação, o orçamento do programa foi "seriamente cortado" e Nichelle Nichols descreveu o eventual concelamento da série como "uma profecia auto-realizável"

A temporada final de 24 episódios de Star Trek começou em setembro de 1968 com "Spock's Brain". A terceira temporada também inclui "The Tholian Web", onde Kirk fica preso entre dois universos; este episódio seria revisitado em 2005 no episódio em duas partes "In a Mirror, Darkly", da série prequela Star Trek: Enterprise. O último episódio da série, "Turnabout Intruder", foi exibido em 3 de junho de 1969, porém Star Trek acabaria por voltar a televisão na forma de animação quando Star Trek: The Animated Series estreou em setembro de 1973.

Depois de sua segunda temporada, a NBC estava preparada para cancelar Star Trek devido aos baixos indíceis de audiência. Liderados pelos fãs Bjo e John Trimble, os telespectadores de Trek inundaram a NBC com cartas protestando contra o cancelamento da série e pedindo para a emissora renovar o programa para mais um ano. Depois da NBC ter concordado em produzir uma terceira temporada, ela prometeu a Gene Roddenberry que o programa iria ao ar em um horário favorável (segundas-feiras, às 19h30), porém mais tarde mudou a programação e colocou Star Trek no chamado "horário da morte" – sextas-feiras, às 22h00. Além da troca de horário na programação, o orçamento do programa foi "seriamente cortado" e Nichelle Nichols descreveu o eventual concelamento da série como "uma profecia auto-realizável"

A temporada final de 24 episódios de Star Trek começou em setembro de 1968 com "Spock's Brain". A terceira temporada também inclui "The Tholian Web", onde Kirk fica preso entre dois universos; este episódio seria revisitado em 2005 no episódio em duas partes "In a Mirror, Darkly", da série prequela Star Trek: Enterprise. O último episódio da série, "Turnabout Intruder", foi exibido em 3 de junho de 1969, porém Star Trek acabaria por voltar a televisão na forma de animação quando Star Trek: The Animated Series estreou em setembro de 1973.

Es el año 2268. Éste no va a ser un buen año para el capitán James T. Kirk. En los próximos meses, a Kirk le borrarán la memoria, se verá forzado a tomar parte en el duelo de O.K. Corral, quedará atrapado entre universos alternativos, su tiempo personal será acelerado de tal forma que será invisible para sus amigos, será torturado por sádicos Vianos, su cuerpo se cambiará por el de una hermosa mujer, y será “asesinado” por su primer oficial vulcaniano. Mientras la nave Enterprise se enfrenta a naves de guerra romulanas, un asteroide está a punto de colisionar, y suceden aventuras más allá de los límites de la Galaxia. La tripulación tendrá que vérselas con sicópatas criminales que cambian de forma, asesinos en serie, “hippies” revolucionarios interplanetarios, y seres con el poder de matar a los miembros de la tripulación simplemente tocándoles. Afortunadamente, los oficiales de Kirk demostrarán tener el valor, la inteligencia y la resolución que les ha convertido en una leyenda dentro de la Federación. A menos, claro está, que contraigan una enfermedad terminal; o que les roben los cerebros.

กัปตันเคิร์กและลูกเรือเอนเทอร์ไพรซ์ผู้กล้าหาญเผชิญกับความขัดแย้งระหว่างคลิงออน โรมูลัน มนุษย์พลังจิต และชนเผ่าเอเลี่ยนอื่นๆ