嘉永6年。浦賀沖に黒船が来航、江戸の町は大混乱となる。そんな時でもあいかわらず冴えないままの北町奉行所同心・中村主水（藤田まこと）であったが、かつての正体は金をもらって殺しを請け負う裏稼業の"仕置人"だった。そんな中、主水は、坊主姿の男（近藤洋介）がすさまじい怪力で役人を殺害するところを目撃し、さらに、懐を狙ってきた黒衣姿の男（石坂浩二）と対決する。そして町で"仕置人"仲間の半次（津坂匡章）、おきん（野川由美子）と再会した主水は、再び裏稼業を始めることを決意、黒衣姿の男・元御家人の糸井貢と、坊主姿の男・石工の大吉を誘う。5人は"仕留人"として、江戸の悪を消していく……。