入侵者被擊敗已經三十二年了，A.E.G.I.S 也被解散，只剩下幾名守門者。其中之一，五十鈴綾音得知機械將軍和惡魔伯爵回來了，他們必須再次拯救地球。

It has been thirty two years since the Invaders have been defeated, and A.E.G.I.S is dismantled, with only a few Gate Keepers left. One of them, Ayane Isuzu learns that Machine General and Devil Count are back and they must save the Earth once more.

西暦2001年。

長い不景気が続き、凶悪犯罪の増加、環境破壊、道徳観の崩壊、国際情勢も安定せず、明るい未来なんて期待できない毎日。

インベーダーが行動を再会するにはうってつけの時代。

人類は今まさにインベーダーに支配されようとしていた。

そんな中、民間人で結成された地下反抗組織イージス・ネットワークに所属し、 インベーダーを倒すことで報奨金を得ているインベーダー・ハンター達がいた。

彼らは疑似ゲート能力を使いこなし、インベーダーを狩っている。

その一人、五十鈴綾音は偶然にもある力をつかう真鶴美羽を目撃してしまう。

本物のゲート能力者を見つけた綾音はそれをイージス・ネットワークに報告する。

ある日、「自分の力が何か知りたくない？」と綾音に誘われた美羽は、彼女についてゆく。

そこへ突然、人の姿をした大量のインベーダーが現れる！