太平洋战争末期，日本陆军开发了秘密武器[铁人28号]，战后，铁人28号被发现，铁人28号的无线操纵器成为了各大犯罪组织争夺的目标，铁人28号设计者金田博士之子金田正太郎（主人公）几经波折终于得到无线操纵器，从此铁人28号复活，为打击犯罪组织恶势力守护和平而活跃...

本作是跳過2部作，銜接初代鐵人28號的故事發展。

故事舞台發生於2002年，昔日鐵人28的操縱者、少年偵探金田正太郎，如今已成為45歲的私家偵探，並與大資本家的女兒、任職科學家的妻子陽子結婚，誕下兒子「金田正人」。

而作品的前半部，主要講述金田正人等五名少年，作為金田偵探事務所成員，與鐵人28FX一同打擊犯罪集團「ネオ・ブラック団」的野心，後半部由金田正太郎解散偵探事務所、就任インターポール長官開始，正人等五人分別擔當搜查官，到各地執行任務。

2002년의 미래세계. 세계 제패를 노리는 '존 총통' 휘하의 범죄조직 네오 블랙단이 인류를 상대로 선전포고를 한다. 가네다 탐정사무소를 설립한 왕년의 히어로 가네다 쇼타로는 '초전동 시스템'을 도입한 최신예기 '철인 28호 FX'를 완성, 그 조종자의 양성에 전념하고 있었다. 네오 블랙단의 갑작스런 습격으로 위기에 처한 월드 로봇 콘테스트 회장에 정체 모를 소년이 난입하여 철인 28호 FX를 조종, 적을 물리치고 보는 이들을 놀라게 한다. 그 소년이야말로 수년 전에 행방불명되었다가 돌아온 쇼타로의 아들 가네다 마사토였다. 지금, 새로운 철인 전설이 시작되려 하고 있다!