多年过去了，工藤真——这位地球统合海军的F-14飞行员，驾驶技术高超，但目中无人，连副驾驶艾德加有时也必须对他忍气吞声。某日，真和队友执行任务归舰途中，突然遭到不明的可变战斗机袭击，所在小队的全数战机亦被击坠。

在飞机爆炸前弹出逃生的真，被玛雅岛上的当地人救起，负伤的他不仅不感恩，反而对这里的居民抱有敌意。但是随着和岛上的风之巫女莎拉以及她的妹妹玛奥相处一段时间后，他渐渐对纯朴的她们消除了隔阂，也从这里的古老传说以及莎拉的特殊能力中，感觉到这个小岛并非只是与外界来往较少，它似乎有着不同寻常的地方。

与此同时，统合军不仅对外星飞船的研究中发现了成果，还在海底找到了极有可能是史前文明的残骸，领导此项研究的阿莉斯博士的前男友——罗伊‧福克亦正担任海军骷髅小队的队长，正是由他驾驶最新型的VF-0可变形战斗机率队进行第一次实战！

激烈的变形机空战在小岛的周围展开，不断将坠落的碎片、枪弹倾泻到了这个弹丸之地，而此时去圣泉的玛奥被这些从天而降的天火所包围，生命也危在旦夕……。

玛雅岛在战火中颤抖……人类正在自相残杀，除了灭亡，也许什么也得不到。

莎拉神奇的力量会平熄灾难的降临？还是会将人类拉入深渊？

……当鸟人再次出现之时……世上会响起毁灭之歌……。

Taking place one year before the events of the original Macross series, Macross Zero chronicles the final days of the war between the U.N. Spacy and anti-U.N. factions. After being shot down by the anti-U.N.'s newest fighter plane, ace pilot Shin Kudo finds himself on the remote island of Mayan, where technology is almost non-existent. While Shin stays on the island to heal his wounds, the tranquility of the island is shattered by a battle that involves the UN's newest fighter - the VF-0.