ネオサイタマを舞台にニンジャが大暴れ！ニンジャ抗争で妻子を殺されたサラリマン、フジキドケンジ。彼自身も死の淵にあったそのとき、謎のニンジャソウルが憑依。一命を取り留めたフジキドは「ニンジャスレイヤー」-ニンジャを殺す者となり、復讐の戦いに身を投じていく。