微型传说的战斗已经过了十年。 　　在地球上，汽车人战士们发现了新的能源，也就是被称为“能量晶体”的奇特能源。 　　在此同时，潜伏于UNICRON残骸中的ALPHA Q率领的恐惧兽军团开始朝着世界各地的能量晶体开采触进攻，也就在此时，密卡登转生成为惊破天，并且重新集结霸天虎成员 　　世界变成了汽车人、霸天虎和Alpha Q军团争夺能量晶体的战场。

The show takes place ten years after the finale of Armada, opening in an age of peace on Cybertron and Earth which is destined not to last long. Energon pits the Autobots against an array of villains: the reborn Megatron , the barely functional Unicron, and the mysterious Alpha Q and his Terrorcon minions.

Suite de la série Transformers : Armada. 10 ans après la guerre entre Cybertron et Unicron, la planète vivante, Autobots et Decepticons vivent en paix après la disparition de Megatron. Mais la découverte de l'Energon, ressource indispensable aux Transformers et l'arrivée des Terrocons avec leur chef Scorponok relancent les hostilités. Optimus Prime se lance avec les Autobots dans une nouvelle guerre et sera aidé par de nouveaux humains menés pas Kicker, une personne capable de détecter l'Energon.

La serie è ambientata dieci anni dopo la battaglia centrale di "Transformers Armada". Il pianeta Cibertron è tornato al suo antico splendore e gli Autobot si occupano di ricostruire e di cercare l'Energon necessario per vivere. Così fondano diverse città minerarie, ma nell'ombra si muovono ancora i Decepticon che non si sono mai arresi anche se Megatron è scomparso. Unicron intento attraverso Alpha Q sta reclutando Decepticon e potenza le loro file con i Terrorcons. Nel mentre Megatron ha ricostruito il suo corpo.

После исчезновения Мегатрона, между Автоботами и Дисиптиконами наступило долгожданное перемирие. На земле была построена специальная база, где спокойно могли размещаться все трансформеры, работающие над добычей месторождений энергона. Вскоре с отдалённой базы на марсе приходит сигнал бедствия, где говорилось о могущественных существах неизвестного происхождения, которые нападали на рудники энергона. На защиту выдвинулась элитная команда трансформеров, но кроме обломков они ничего не нашли. Тем временем на Земля подверглась нападению с которым с лёгкостью справилась команда Grand Convoy. Однако это была лишь разведка боем и настоящая битва ещё впереди.