El 2029 va ser l'any que va desaparèixer el primer element de la Terra: l'oxigen. Des d'aleshores, en menys de mig segle, n'han desaparegut més de 50, i la població mundial s'ha reduït un 90 per cent. Els Caçadors d'Elements, nens i nenes que no poden tenir més de 13 anys, són els únics que poden recuperar els elements desapareguts que han anat a parar a la Terra Negativa.

元素消失！未来委托给了我们！

2029年，在地中海沿岸发生了大规模的陆地下陷现象。直径达3千米的氧元素突然从地壳中消失了。从那以后，地球上各种元素陆陆续续都消失了。

元素的消失，导致森林田地、建筑物和古代遗迹，甚至连生命也消逝了。

人类深怀痛感。“万物因元素存在”。

从那一天过了60年，人口比起最盛期已经减少到了十分之一。

拼命调查研究的结果判明了消失的元素的去向。原来元素流入了次元之壁另一端的另一个地球“负地球”中。

赌上地球的存亡，建立了名为“元素猎人”的组织。成员全部是13岁以下的孩子。能够联系上内加亚斯的，仅限于脑组织比大人柔软的小孩……

2029年，人們發現地中海沿岸發生了氧元素消失的現象，之後各種元素相繼消失。受此影響，60年後，地球上的人口只剩下全盛時期的十分之一。調查表明，消失的元素去了另一個地球，為了取回消失的元素，名為「元素獵人」的組織成立了，其成員都是13歲以下的小孩，因為只有小孩才能去另外一個地球（黑暗地球）。

In the year 2029, chemical elements such as oxygen, carbon, gold, molybdenum, and cobalt were continually disappearing from Earth. These disappearing elements ultimately disrupted the environment and led to the destruction of various homes, cities, and even entire countries. Researchers discovered that the vanishing elements drained into a planet called Nega Earth, located in another dimension. Element dematerialization was occurring rapidly; thus, to save Earth, three special pre-teens picked by the space colony government formed the Element Hunters. Their job was to transport themselves to Nega-Earth to battle monsters called Q-EXes and retrieve lost elements. However, out of their own concerns, Ren, Chiara, and Homi, three average middle school students from Earth, banded together to also become Element Hunters. With the help of Professor Aimee Carr and Juno, they are able to help save their own planet.

地球上の元素が消え始めたのは物語開始の60年前の話、最初に元素が消えたのが2029年地中海での「酸素」。それからは、ほぼ毎年の如く、地球上から元素が次々と消えて行き、それによる地盤陥没などの被害も多発。地球人口は最盛期の10分の1にまで減少。事態を重くみた国際連邦政府は、10年で「スペースコロニー」を建造し、そこで各種元素の保存および元素消失現象の原因究明などを行う。そして、その経緯にて消失した元素は次元を隔てた別次元の地球・「ネガアース」へ流入し、その星の現住生物に取り込まれ「QEX（キューエックス）」と呼ばれる怪物へ変化させていたことが判明。そこで国連はネガアースに乗り込み、QEXを倒して元素を回収する「エレメントハンター」という元素回収チームを発足させる。但し、ネガアースへ赴けるのは、大人より脳の働きが柔軟な13歳以下の少年少女だけ。

既に2回の元素回収任務を終えたコロニーのエレメントハンター「アリー・ロドニー・トム」のチームが第3期目の元素回収任務に着任した頃、地球に住む少年少女「レン・キアラ・ホミ」の3人は、謎の科学者「カー博士」により、「真に地球を救う」エレメントハンターに任命された。

かくて、訓練を積んだエリートのコロニーチームと、知恵と勇気とチームワークが頼りの素人の地球チーム、二組の少年少女たちの冒険の日々がはじまる。

시대적 배경은 2089년으로 원소가 없어져 천재지변이 일어나게 된 지구를 구하기 위해 차원을 넘어 임무를 수행하는 렌,키아라,호미의 모험과 각박한 사랑을 다루는 애니메이션.