故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。 动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。

在碇源堂擔任學園長的第3新東京市立NERV學園裡。校長兒子・弱氣學生碇真嗣、天才歸國子女明日香和轉學生綾波三姉妹等夥伴們快樂的學園生活。

De serie is een parodie op Neon Genesis Evangelion, waarin de hele cast van de originele serie nu bestaat uit gewone studenten die samen naar de middelbare school gaan in Tokyo-3. De serie bevat drie Rei-zussen: de ene is een kind jonger dan de rest, gebaseerd op Rei 1, de tweede is gebaseerd op Rei 2 (de Rei die je in de meeste normale series ziet), en de derde Rei is eigenlijk gebaseerd op de hyperactieve en klungy Alternate Rei (te zien in de alternatieve realiteitsdroomreeks uit de laatste aflevering van de originele serie). Verder is Evangelion Unit 01 zelf een van hun klasgenoten, maar dit keer als een robot op menselijke grootte die fungeert als een soort pestkop van de klas. Zelfs de Jet Alone-robot wordt opnieuw voorgesteld als een personage in de serie.

The series is a parody of Neon Genesis Evangelion, in which the entire cast of the original series are now everyday students going to junior high school together at Tokyo-3. The series features three Rei sisters: one is a child younger than the rest based on Rei 1, the second is based on Rei 2 (the Rei seen for most of the normal series), and the third Rei is actually based on the hyperactive and klutzy Alternate Rei (seen in the alternate-reality dream sequence from the final episode of the original series). Further, Evangelion Unit 01 itself is one of their classmates, but this time as a human-sized robot who acts as something of a class bully. Even the Jet Alone robot is re-imagined as a character on the series.

La série est une parodie de Neon Genesis Evangelion , dans lequel les héros de la série sont des étudiants devant se rendre chaque jour au lycée.

Die Evangelion-Piloten Shinji, Asuka und Rei, sowie die EVA-Einheit 01 und der Rest der Truppe, erleben weitere Abenteuer auf einer nicht ganz so normalen Schule in Tokyo-3. Von Klausuren über diverse Putzorgien der Klassenzimmer bis hinzu eher langweiligen Unterrichtsaktivitäten hat die Gruppe eine Menge Spaß und unterhaltsame Stunden. Einzig und allein vor Rektor Ikari und der Lehrerin Misato müssen sie sich in Acht nehmen, denn wer beim Rumalbern oder Schlafen erwischt wird, dem droht Ärger.

Petit Eva leva-nos ao mundo das personagens da série Evangelion encarnadas em estudantes perfeitamente comuns.

"Евангелион в Школе" это пародия на Евангелион Нового Поколения, в которой все персонажи оригинального сериала становятся учениками средней школы в Токио-3. Сериал представляет три "Сестры Рей": первая Рей младше, чем остальные участники, вторая похожа на ту Рей которую зрители видели в оригинальном сериале и образ третей Рей базируется на активной и неловкой "Альтернативной Рей" из снов в последней серии оригинального сериала. Более того, EVA 01 робот также посещает эту школу, но выглядит как небольшой робот размером с рост человека. Даже Jet Alone представлен одним из персонажей сериала.