Vor fünf Jahren nahmen Shirou Emiya und sein mittlerweile verstorbener Ziehvater Kiritsugu ein Mädchen mit außergewöhnlichen Kräften bei sich auf, das völlig von der Außenwelt abgeschottet aufgewachsen war. Obwohl Shirou weiß, dass er Miyu nur als Mittel zur Rettung der Menschheit behandeln sollte, fühlen sich die beiden mehr und mehr wie richtige Geschwister miteinander verbunden. Doch noch bevor Shirou Miyus ersten eigenen Wunsch erfüllen kann, wird sie von der Familie Ainsworth entführt, die sie opfern wollen. Nun muss Shirou eine schwere Entscheidung treffen, denn die Grenze zwischen gerechten und unmenschlichen Taten scheint nicht mehr so klar zu sein, wie gedacht..

Eine liebevolle Familie haben, viele Freunde, aufregende Zeiten erleben, Spaß und Trauer. Diese Sachen machen ein gewöhnliches Leben aus. Madoka Kaname ist eine normale Schülerin, die so ein gewöhnliches Leben lebt. Doch eines Tages macht sie eine seltsame Begegnung. Sie weiß nicht, ob diese Begegnungen Zufall oder Schicksal sind, aber eins ist sicher - in diesem Moment beginnt sich ihr Schicksal zu ändern.